材料部は東3階に位置しており、不潔区域の洗浄室、準清潔区域の組立室、清潔区域の既滅菌保管室に区分されている。平成16年4月、シングルユース物品供給がSPDセンターへ移行したことを機に、再使用医療器材の回収・洗浄・点検・包装・滅菌・供給・保守管理が業務内容となる。

器材の流れは、不潔な物（非滅菌物）と清潔な物（既滅菌物）が交差しない一方通行方式となっている。使用済み（汚染）器材は、回収用コンテナに収容し材料部に搬送され、スタンダードプリコーションに基づき、全て感染性汚染物として洗浄処理している。最近はR-SUDの活用に積極的に取り組んでいる。
初代材料部長は水戸廸郎教授（旧第2外科兼任）、副部長は酒井忠一助教授（眼科兼任）、他スタッフ13名でスタートした。現在は第15代目部長の大田哲生と副部長の長谷川公治准教授および佐藤洋子副看護師長が核となり部署のスタッフと共に運営を行っている。
現場の業務は平成20年4月から全面外注化となり委託業者が行っているが、現場では副看護師長が委託業者と綿密な連携のもと、効率的に業務を行えるように工夫している。委託業者には特定化学物質等作業主任者、普通第一種圧力容器取り扱い作業主任者、滅菌管理士、院内滅菌消毒業務受託責任者などの有資格者を含め15名前後在職している。

材料部は病院全体へ安全で安定した医療器材の供給をおこなう部門である。手術器械の供給を中心に行っており、年間7000件の手術を支援している。新たな器械の導入や持込手術器械の増加に伴い器械の取り扱いの知識が要求され、業務量も増加傾向となっている。器材の保守管理は、主に病院職員が担当し、日々修理・購入など診療部署と相談し遂行している。

平成20年度より滅菌不良による返品などを目的に、リコール対策（全滅菌物に有効期限・滅菌器No,回数・滅菌担当者を印字したロットシール管理、全滅菌物を滅菌積載記録用紙に記載）を実施している。高圧蒸気滅菌、低温プラズマ滅菌ガス滅菌装置のBI（生物学インジケーター）・CI（化学的インジケーター）テストの実施、プリオン病対策（クロイツフェルト・ヤコブ病を含む二次感染予防のため手術器械の処理・洗浄・滅菌方法を変更）も開始するなど、安心安全な医療器材の提供を目指している。
 

器材の返納を受け洗浄・除染する洗浄室、洗浄装置を経た器材を点検・器械組み・包装・滅菌装置に挿入をする組立室、滅菌物を滅菌装置から取り出し、保管・供給・などを行う滅菌管理室を有している。

洗浄装置としてウォッシャーディスインフェクター2槽式3台、減圧沸騰式洗浄装置1台、カート洗浄装置1台が稼働している。

滅菌装置は高圧蒸気滅菌装置4台、低温プラズマ滅菌装置2台が稼働している。

その他周辺装置として浸漬槽、チューブ乾燥機1台、乾燥機3台がある。令和6年よりエチレンオキサイドガス滅菌は外注化している。

材料部長の管理下には、既に説明した洗浄・滅菌部門の他にSPDセンターがある。SPDセンターは1階にあり、運用は全て外注化している。院内の各部署への物品搬送・使用物品の実績管理・物品管理などを行っている。